De regreso a Guayaquil continuó sus estudios de leyes que los culminó en 1898. En esa ocasión obtuvo el Premio Municipalidad de Guayaquil, pero, paradójicamente, no se graduó. Desempeñó importantes cargos en la Administración pública dentro del régimen liberal.
Un gran hombre de negocios y en regímenes anteriores un excelente Ministro de Hacienda. Caballero correcto, jefe de un hogar amabilísimo, carecía de popularidad, los pocos que le conocían identificaban su nombre con la Compañía Nacional de Estancos del Litoral.
El 31 de octubre de 1932 fue proclamado Presidente del Ecuador. Martínez se posesionó el cinco de diciembre a las tres de la tarde. El presidente declaró que gobernaría de acuerdo con los principios del Partido Liberal y luego se trasladó desde el Congreso, que funcionaba en el mismo palacio de Gobiemo, a la terraza que mira a la Plaza de la Independencia.
A pocos meses de haber iniciado sus funciones el Congreso entabló un vergonzoso Juicio Político en su contra: El Dr. Velasco Ibarra, con demagógica elocuencia presentó gravísimos cargos contra el Presidente de la República. Martínez Mera se defendió con una brillante exposición ante un Congreso.
Al conocer que el Senado ya tenía preparado el acuerdo que lo destituía, desechó el camino de la dictadura como solución final y viajó con su familia a Guayaquil donde esperó los acontecimientos. El 16 de octubre de 1933, lo privó Legalmente del Cargo de Presidente de la República.
A la respetable edad de ochenta y ocho años, don Juan de Dios Martínez Mera murió en su ciudad natal, Guayaquil, el 27 de octubre de 1955.
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